طی فرمان تبعید اجباری توسط استالین، از طرفی هزاران تورک آهیسکا در راه به انواع بیماری ها مبتلا شده و جان سپردند و زنان و کودکان جزء اولین صدمه دیدگان این کوچ اجباری گشتند، از طرفی دیگر نیز تورک‌های آهیسکا وطن خود را از دست دادند.

در جولای 1944 و در کاخ کرملین طی شورای فوق سری که برای حفظ مرزهای جمهوری سوسیالیستی گرجستان شکل گرفته بود استالین دستور کوچ اجباری 86 هزار تورک را به مرزهای ازبکستان و قرقیزستان صادر کرد.

بر اساس فرمان استالین بیش از 40 هزار تورک آهیسکا به ناچار به قزاقستان، 30 هزار به ازبکستان، 16 هزار به قرقیزستان مهاجرت داده شدند. پس از این کوچ اجباری در تاریخ 14 نوامبر 1944 دوباره 3 کوچ اجباری تورکان آهیسکا از منطقه ملی شان صورت گرفت.

کوچ اجباری تورکان بیش از 6 هفته در واگن‌های متعدد به طول انجامید، بر اساس آمار رسمی بیش از 17 هزار انسان در این کوچ اجباری به سبب‌های مختلف از جمله بیماری جان خود را از دست دادند. کوچ اجباری تورکان آهیسکا پایان داستان سرنوشت آنان نبود و اردوگاه‌های کار اجباری و بدون اینکه زن و مرد و کودک و جوان و پیر از هم تمایز داده شوند، در انتظار تورکان آهیسکا بود.

ورود به شهرها و خروج از روستاها برای آنان ممنوع بود، در حالیکه این قوانین را زیر پا می گذاشتند استالین فرمان 25 سال تبعید به سیبری را به همراه خانواده برای آنان در نظر گرفته بود. پروسه عادت به جغرافیائی جدید نیز بسیار سخت گذشت، پس از تبعید نیز بیش از 30 هزار انسان تورک به علت بیماری‌های واگیردار، سرما، بی خانمانی، گرسنگی، کمبود دارو و ... جان خود را از دست داد.

پس از سقوط اتحاد جماهیر شوروی بر اساس منابع تاریخی منتشر شده یکی از ادعاهائی که دلیل اصلی صدور فرمان مهاجرت اجباری تورکان آهیسکا از سوی استالین می گردد، همکاری تورکان آهیسکا با نازی ها بیان گردیده است. محققین دیگری باور دارند در جنگ جهانی دوم تورکان آهیسکا همراه با ارتش اتحاد جماهیر شوروی جنگیده اند و این ادعا نمی تواند حقیقت داشته باشد.

بر پایه دیگر ادعاهایی که از آرشیو دولتی اتحاد جماهیر شوری منتشر گردید، هدف استالین پاک سازی ائتنیکی تورکان مسلمان جغرافیای قارادنیز (دریای سیاه) بوده است و وی تحمل وجود ملتی با هویت “مسلمان و تورک” در اتحاد جماهیر شوروی را نداشته است. در کنار تورکان آهیسکا دیگر گروههای تورک نیز در اتحاد جماهیر شوروی حضور داشتند ولی برخی از این گروه ها در آن زمان برای نامیدن خود از مفهوم "تورک" بهره نمی جستند. پس از مرگ استالین در سال 1956 بسیاری از اتنیک‌هایی که در زمان استالین ملزم به کوچ اجباری گشته بودند به موطن خود بازگشتند، ولی تورکان آهیسکا و تورکان کریمه نتوانستند به دیار خود بازگردند.